La organización del programa en torno a áreas temáticas no se realiza en detrimento de la necesaria promoción de acciones de carácter transversal e intersectorial. Para ello, el programa promueve la interacción entre distintas áreas temáticas, asumiendo en ocasiones el rol de catalizador en la coordinación de actores, al interior de los países. 

En este sentido, la perspectiva transversal pone el foco en una serie de características que atraviesan al Programa en forma horizontal y que resaltan el “cómo” lo hace, su metodología. Se enfatiza, por un lado, las características sobre su enfoque innovador de cooperación y su método de trabajo: los aportes europeos, fruto de los intercambios que se han dado entre administraciones públicas de ambas regiones; la cooperación Sur-Sur, que responde al interés de los países por lo que sucede a su alrededor; el trabajo con redes, apoyando sus agendas internas, sus iniciativas de armonización regional o la implementación de sus acuerdos; la articulación de actores, abordando problemáticas que normalmente exigen la coordinación de varias instituciones nacionales; y la complementariedad con iniciativas de la UE, con el fin de llegar a mejores resultados, garantizando de esta manera la calidad de la ayuda y una mayor visibilidad de la Unión Europea. Por el otro, se resaltan los grupos objetivo de las políticas que desde EUROsociAL se han apoyado, bien directamente, bien como parte de un colectivo que enfrenta alguna vulnerabilidad. Se destacan tres líneas de acción: enfoque de género, apoyando políticas o instrumentos de política con efectos significativos en la igualdad de género; grupos vulnerables, que por su condición de edad, sexo, origen étnico y/o situación física o mental tienen mayores probabilidades de caer en una situación de pobreza o exclusión social; y atención a la juventud, contribuyendo a la mejora y a la inclusión de los y las jóvenes en la sociedad a través de un abanico de políticas.